Datové schránky měly být užitečným nástrojem pro komunikaci se státní a veřejnou správou. Jako takové neměly kromě běžných provozních nákladů, které zahrnují hlavně poplatky subdodavatelům (hlavně Telefónica O2), stát vyjít příliš draho. Místo toho si z nich Česká pošta udělal skvělý byznys.
Ministerstvo vnitra přišlo během státní kontroly, která probíhala u provozovatele datových schránek, kterým není nikdo jiný než Česká pošta, od 13. září 2012 do 11. října 2012 na více jak 40 % nadcenění dodané služby oproti hodnotě, za kterou poskytuje službu subdodavatel. To je opravdu hodně vysoko nad tím, za jakou částku by službu byl ochoten dodávat sebedražší komerční subjekt. Důvod, proč systém provozuje ČP je přitom přesně opačný, tedy vedle garance kvality hlavně optimalizace nákladů.
Pošta přitom již teď není schopna ani formálně všechny vykazované náklady vysvětlit (Marketing, Časová razítka či Call centrum). Ministerstvo Vnitra navíc tvrdí, že neúměrné náklady vedly k předčasnému vyčerpání rozpočtu na provoz ISDS a bude tudíž muset požadovat po státu 345 milionů mimo původní rozpočet. Odhadované roční náklady za rok 2012 tak dosáhnou částky 845 milionů, které se dělí na platby za roční paušál, za transakce a za zřizování přístupu. MV přitom dostalo na úhradu nákladů plynoucích z provozu ISDS na rok 2012 pouze 500 milionů.
Rozdíl mezi prodejní a nákupní cenou za provoz ISDS činil na straně ČP za celé období 42 %, zisk z této činnosti činí u ČP cca 25%.