Rok 1989 byl výrazným mezníkem i ve vývoji fakulty a katedry. Politické změny ve společnosti se na katedře i na fakultě nejvýrazněji projevily liberalizací studia a maximálním otevřením se odbornému světu. V průběhu 90. let se výrazně mění i technické vybavení katedry, vzniká mimo jiné první Unixová laboratoř, a v roce 2009 odchází 2/3 týmu zakládat Fakultu informačních technologií.
V průběhu 90. let se výrazně mění i technické vybavení katedry. Ještě na konci 80. let byla katedra vybavena počítači IQ 151 propojenými vlastní sítí FELNET, 10 počítači PC-AT a 10 zastarávajícími počítači PP01. Výpočetní a síťové služby zajišťoval sálový počítač SM 52/12 s alfanumerickými terminály umístěnými v kancelářích. V r. 1991 získává katedra darem počítač VAX 11/785, MikroVAX II. a několik pracovních stanic SUN 3/50 a 3/60.
Unixová laboratoř
Vzniká též první laboratoř Unixových pracovních stanic SUN IPC a OPUS určená pro výuku počítačové grafiky a návrhu VLSI obvodů. Přelomovým rokem byl rok 1994. Katedra se pomocí Metropolitní sítě PASNET s technologií ATM 155 Mbit/sec připojuje k síti CESNET (Czech Education and Scientific Network) a pomocí mikrovlnného spojení vyvinutého na katedře je propojena síť katedry se sítí počítačů ve studentských kolejích na Strahově. Vybavení katedry je nadále udržováno na úrovni odpovídající technickému rozvoji výpočetní techniky ve světě.
V pedagogické oblasti se katedra dělí na softwarovou a hardwarovou skupinu a vedle toho existuje technická skupina, která zajišťuje provoz laboratorní techniky a běžný chod katedry. Struktura zůstává v zásadě nezměněna až do roku 2000, kdy má katedra 64 zaměstnanců včetně externích spolupracovníků, z toho 45 učitelů (2 profesoři, 15 docentů, 28 asistentů) a je největší katedrou na elektrotechnické fakultě.
Odchod pracovníků CGG a vznik FIT
Důležitým momentem byl odchod pedagogů a výzkumných pracovníků bývalé Grafické skupiny (CGG), která působila v rámci katedry počítačů už od roku 1992. Ti vytvořili v červenci 2008 novou katedru počítačové grafiky a interakce.
Další zásadní událostí byl vznik Fakulty informačních technologií (FIT) jako v pořadí osmé fakulty Českého vysokého učení technického v Praze. K němu došlo v červenci 2009. Základ jejího týmu vytvořili zaměstnanci katedry počítačů. Na novou fakultu přešly přibližně 2/3 původního týmu katedry počítačů. Snaha o zřízení samostatné fakulty vyplývala zejména z převažujícího pocitu zaměstnanců, že katedra zajišťující největší podíl pedagogického výkonu na FEL nemá odpovídající vliv na fungování fakulty. Osamostatnění fakulty probíhalo v době, kdy i ostatní významné české a slovenské university samostatné informatické fakulty založily.
Odchod velké části pracovníků život katedry na určitou dobu ochromil. Významný vliv na současný odborný profil katedry měl odchod velké většiny pedagogů, jejichž specializací byl počítačový hardware. Po odchodu významného množství pracovníků na katedru počítačové grafiky a na fakultu informačních technologií v roce 2008 resp. 2009 na katedře počítačů zůstali členové skupiny SWING (Softwarové inženýrství), část skupiny NCG (Neuronové sítě), Síťaři (Počítačové sítě), WEBING (Webové inženýrství) a Skupina telematiky. Tyto skupiny jsou dnes soustředěny v oddělení SEN (Software Engineering and Networking) s výjimkou skupiny NCG, která vytvořila samostatné oddělení CIG (Computational Intelligence Group). Po příchodu skupin ATG a IDA v roce 2012 resp. 2013 se výzkumná témata rozšířila hlavně do oblastí umělé inteligence a robotiky.
Nový dech
Dalším zlomovým okamžikem byl rok 2012, od něhož katedra opět začala personálně růst a rozšiřovat svůj odborný profil. Důvodem byl příchod nových pracovníků zejména z katedry kybernetiky, a to jak jednotlivců, tak celých skupin. Významným byl příchod skupiny ATG (Agent Technology Center). Skupina v době příchodu čítala přes 35 lidí a měla značný vědecký i pedagogický výkon. Přinesla s sebou důležité mezinárodní kontakty a úspěšné výzkumné projekty. K dalšímu nárůstu katedry došlo začátkem roku 2013, kdy na katedru přešla rovněž vědecky výkonná skupina IDA (Intelligent Data Analysis) tvořená 8 lidmi. Katedra je v současnosti organizována do čtyř odborných oddělení: SEN (Software Engineering and Networking, CIG (Computational Intelligence Group) a již zmíněných skupin ATG a IDA.
Výše popsané personální změny znamenaly i výrazný posun v odborných tématech katedry. V současné době se pracovníci katedry věnují jak klasickým tématům informatiky, jako je softwarové inženýrství či počítačové sítě a bezpečnost, tak tématům mezioborovým, jako je umělá inteligence, agentní systémy, automatizované plánování, strojové učení, bioinformatika nebo robotika. Základní výzkum v těchto oblastech probíhá obvykle v rámci veřejných projektů (např. grantů od Evropské komise či Grantové agentury ČR), ale katedra je aktivní i v aplikovaném smluvním výzkumu.
Vzniklo s využitím materiálů FEL ČVUT k výročí 50 let informatiky na ČVUT.