Nejvyšší kontrolní úřad prověřil hospodaření Státního ústavu pro kontrolu léčiv (SÚKL) v letech 2013 až 2015. Kontrola ukázala, že Centrální uložiště elektronických receptů („eRecept“), které vyšlo zhruba na 318 milionů korun, je využíváno jen minimálně.
Za vybudování Centrálního úložiště elektronických receptů SÚKL zaplatil v letech 2007 až 2016 téměř 318 milionů korun, jeho provoz bude v následujících čtyřech letech stát přibližně čtyři a půl milionu korun ročně. Využití tohoto systému je přitom minimální – od srpna roku 2011 do října roku 2016 bylo v České republice vydáno necelých pět milionů elektronických receptů, což představuje zhruba jen jeden a půl procenta ze všech vydaných receptů.
SÚKL si také při budování systému „eRecept“ nevyhradil možnost tento systém modifikovat, případně jej upravovat třetí stranou, ani celkově nevyjasnil autorská práva k jeho používání. Kvůli tomu se dostal do sporu s dodavatelem, který vyústil až v soud a pozastavení provozu systému od prosince roku 2015 do března roku 2016.
Nedostatky v oblasti IT se ale netýkaly jen Centrálního úložiště elektronických receptů. SÚKL v letech 2005 až 2009, kdy přecházel na novou IT architekturu a vytvářel datový sklad, neměl licence na používání některých softwarových aplikací. Tím porušoval licenční práva. Dodavateli softwaru pak v rámci dohody o narovnání zaplatil 120 milionů korun.
Kontroloři se zabývali také financováním ústavu a jeho účetnictvím. SÚKL podle zákona vybírá od farmaceutických firem peníze za odborné úkony – jde o mimorozpočtové příjmy, ze kterých financuje svoji činnost. Jen v letech 2013 až 2015 takto inkasoval více než jeden a půl miliardy korun. SÚKL ale z těchto příjmů vytvářel rezervní fond, což nemá oporu v zákoně, a současně vykazoval nižší závazky. Takový způsob financování prý ovlivňuje podobu účetní závěrky a významně zkresluje pohled na finanční situaci SÚKL.