Mikrosonda a AI pro personalizovanou diagnózu rakoviny

Richard Jan Voigts , 06. listopad 2017 15:20 0 komentářů
Rubriky: Technologie, Science
Mikrosonda a AI pro personalizovanou diagnózu rakoviny

Vědci z IBM vyvinuli na základě dlouholetých zkušeností s výrobou křemíkových polovodičů prototyp pro přesnější diagnostiku různých typů rakoviny. Tento výzkum je založen na technologii zvané mikrofluidní sonda (MFP – Microfluidic probe), která se trochu podobá hrotu plnicího pera a může efektivně zjistit biochemické reakce na vzorcích biopsie.

Doposud bylo typicky nutno testovat vzorek tkáně s tekutými reagenty a sledovat barevnou skvrnu. Přestože takováto diagnostika dá obrázek o tumoru, lékaři si uvědomovali, že v něm samotném existují značné rozdíly. Jejich zmapování by mohlo porozumět jejich příčinám a následně nasadit personalizovanou strategii léčby. Kromě toho získání vzorků tkáně a jejich testování vyžaduje velmi nákladné reagenty a jeden vzorek může být testován pouze jednou. V některých případech je pro diagnózu určitých druhů rakoviny navíc nutno provádět více různých testů.

Mikrofluidní sonda IBM
Mikrofluidní sonda IBM
Mikrofluidní sonda může být oproti tomu použita k interakci se vzorkem tkáně na jejím mikrometrickém úseku a může pomoci odhalit molekulární obsah uvnitř tumorů s využitím extrémně malých objemů reagentů. Tato technologie navíc umožňuje provádět multiplexní analýzu (více testů), což pomáhá patologům zjistit stav tumoru a ošetřujícím lékařům pomoci zajistit nejefektivnější terapii.

MFP zjišťuje důležitá data z částí tkání, což má za příčinu generování velkých objemů různých dat, která jsou dedukována z obrazů (skvrn) získaných z tkání, a navíc MFP umožňuje provádět současná měření, což povede ke zrychlení generování objemů dat a různých informací o změnách v tumoru. Každý vzorek jiný a v současné době se se pro něj používá předdefinovaný soubor podmínek. Díky MFP lze tohoto dosáhnout i s malým vzorkem tkáně.

Díky spojení s konceptem strojového učení je systém schopen sledovat a rozpoznat nejoptimálnější podmínky pro získání kvalitního vzorku, což může pomoci ke snížení počtu chyb v diagnostice. Vědci z IBM představili myšlenku optimalizace vzorku s využitím MFP a strojového učení na rakovinou zasažené tkáni a publikovali na významné konferenci MICCAI.

V případě MFP tedy může jít o technologii, která změní stav hry v oblasti patologie, zejména když budou tato data uložena a sdílena v bankách biopsie a organizací věnující se výzkumu rakoviny. Vědci doufají, že tato sonda pomůže jak současným pacientům, tak 14,1 milionů nových ročně na celém světě.

Tým IBM k tomu ještě vyvinul mikrometrický test micro-FISH. FISH je zvláštní cytogenetická metoda pro vizualizaci abnormalit v chromozomech. Rozpoznání defektů v chromozomech totiž hraje v klasifikaci tumorů její významnou součást. Nedávno díky tomuto testu ukázali, že byli schopni detekovat chromozomy 7 a 17 v rakovině prsu během deseti minut od inkubace a sedmnáctkrát snížili spotřebu reagentů v porovnání s dosud běžnými testy.

Zejména v kontextu rakoviny prsu, rozpoznání podtypů rakoviny založeném na biomarkeru zvaném HER2 je velmi kritické, protože HER2 pozitivní tumory jsou zvláště agresivní a často vyžadují zvláštní strategii léčby. Rozpoznání HER2 je proto kritické a primárně se provádí na základě hodnocení s využitím imunohistochemické intenzity (IHC – immunohistochemical) skvrny.

Řada sledovaných vzorků je však na hranici a jsou hodnoceny jako 2+ (ve smyslu týdně pozitivní). Takovéto vzorky potřebují další ohodnocení a musejí být testovány pomocí metody IHC nebo FISH. Vědci proto nasazují metodu microFISH pro rychlou klasifikaci tumorů, kde je přesnost testování velmi kritická. Tato práce byla financována projektem EU (www.bioprobe.eu).


Komentáře

RSS 

Komentujeme

Agilita a devops, přepracování a vyhoření

Pavel Houser , 12. červenec 2018 12:30
Pavel Houser

Michael Cote na The Register upozorňuje na častý problém: nové „agilní“ metody vývoje, všechny příst...

Více







RSS 

Zprávičky

Internet Mall snížil ztrátu, tržby mu vzrostly na 7,2 miliardy Kč

ČTK , 18. červenec 2018 17:29

Internet Mall mj. investuje do distribučního centra v Jirnech u Prahy, které by mělo sloužit 7 střed...

Více 0 komentářů

Google dostal kvůli Androidu od EK rekordní pokutu 4,34 mld. eur (aktualizace)

ČTK , 18. červenec 2018 13:26

Google využil Android k upevnění dominantní pozice svého internetového vyhledávače, uvádí EK....

Více 0 komentářů

EK oznámí rozhodnutí o pokutě pro Google

ČTK , 18. červenec 2018 12:10

Google dostal od EK za zneužití dominantního postavení již koncem loňského června pokutu 2,42 miliar...

Více 0 komentářů

Kalendář

04. 08.

09. 08.
Black Hat USA 2018
09. 08.

12. 08.
DEF CON 26
06. 09.

07. 09.
Humusoft Technical Computing Camp 2018

Starší zprávičky

Americká Workday koupila českou firmu Stories

ČTK , 18. červenec 2018 09:00

Českou firmu Stories založili tři datoví odborníci, kteří si dali za cíl změnit řízení velkých firem...

Více 0 komentářů

Slovensko zablokovalo přístup k desítkám webů s hazardními hrami

ČTK , 18. červenec 2018 08:00

Na návrh slovenského Finančního ředitelství soudy nařídily telekomunikačním operátorům zamezit příst...

Více 0 komentářů

Český startup CleverFarm buduje v Srbsku síť IoT

Pavel Houser , 17. červenec 2018 10:00

Český startup CleverFarm, který zavádí moderní technologie do zemědělství, pomáhá s budováním IoT sí...

Více 0 komentářů

Akcie Netflixu oslabily, Amazon a Disney konkurují

ČTK , 17. červenec 2018 09:36

Počet nových předplatitelů a tržby internetové televize Netflix zaostaly ve druhém čtvrtletí za oček...

Více 0 komentářů